港口
外高桥港区连接长江深水岸线与外高桥保税区，西距吴凇港口约7公里，东距长江出海口约85公里。已建成一期（顺岸式码头岸线900米，吞吐能力为120万TEU，3个集装箱泊位。）、二期工程（顺岸式码头岸线899米，吞吐能力为80万TEU，2个三、四代集装箱泊位和1个第一代集装箱泊位。），拟建三期（顺岸式码头岸线680米，2个三、四代集装箱泊位。）、四期工程（总工程岸线总长4.6公里，一期拟开发1250米岸线，年通过能力100万TEU，拟建4个三、四代顺岸式集装箱泊位。）。外高港区作为上海国际航运中心的组成部分，已成为外高桥保税区国际贸易、保税仓储、物流分拨的重要枢纽。
运河
贴近保税区东边的外环运河，连通长江和黄浦江，河宽44.5米，具有300吨级的驳船能力，是保税区货运经内河运输的主要通道。
机场
上海虹桥国际机场距保税区约36公里，汽车从保税区至国际机场只需40分钟；浦东国际机场位于保税区东南面，车程20分钟即可到达。